1100 – 1400

Pas in de twaalfde eeuw is de houten kapel vervangen door een tufstenen Romaanse versie. Uit archeologisch onderzoek is gebleken dat de afmeting van deze nieuwe kapel 17,60 x 6,80 meter bedroeg.

De fundering bestond uit een vlijlaag van veldkeien en zand. Hierboven was een kistwerk gemetseld van tufsteen gevuld met witte kalkmortel.

Tussen 1128 en 1131 schenkt graaf Gerard van Gelre, met uitdrukkelijke toestemming van zijn vrouw Ermgard en hun zoon Hendrik, de kapel van Ellecom met de erbij behorende tienden aan de Zutphense kerk (Sint Walburgis) als prebende voor de daar verblijvende broeders.

De Romaanse toren van tufsteen is gebouwd rond 1175. Daarvoor moesten twee ramen worden dichtgemetseld. De toren diende als oriëntatiepunt en om er de klokken in op te hangen; daarnaast werd de toren gebruikt als schuilplaats tegen rovers maar ook als fort in tijden van oorlog.

Het oorspronkelijk als kapel bekend staande godshuis is waarschijnlijk in 1359 tot parochiekerk verheven. Deze is gewijd aan St. Nicolaas, de beschermheilige van o.a. schippers tegen de gevaren van stormen op zee en overstromingen.