1400 – 1800

Rond 1450 wordt het koor gesloopt en vervangen door een tufstenen Gotische versie. Dit koor is hoger dan het bestaande schip. Deze situatie zal eeuwen zo blijven.

Tot ca. 1595 had het kapittel van Sint Walburgis het recht van voordracht van de pastoor. Onder invloed van de Reformatie werd tegen het einde van de zestiende eeuw de kerk in gebruik genomen voor de gereformeerde godsdienstuitoefening. De toenmalige pastoor koos de zijde van de hervormde kerk, en nam behalve zijn parochianen ook het kerkgebouw mee. De Heer van Middachten volgde hem en veranderde eveneens van geloof. Het collatierecht (voordracht van de predikant) kwam toen in handen te liggen van de bewoners van kasteel Middachten. Deze waren de enige ambtsjonkers die in het kerspel Ellecom woonden.

Tot 1734 werden de dorpen Ellecom en Spankeren bediend door dezelfde predikanten die afwisselend in een van deze plaatsen woonden. In dat jaar vond een definitieve scheiding plaats en kwam er voor de kerk van Ellecom een aparte dominee.

Bij de Grondwetswijziging van 1922 werd het collatierecht in Nederland afgeschaft.